Sau cuộc rút lui tạm thời của Quân đội Giải phóng Altana khỏi Quận Kabuki, tình hình chiến tranh dường như đã được cải thiện. Tuy nhiên, khi Oniwaban, Shinsengumi và cư dân của quận chiến đấu với tàn quân của quân đội, nhà phát minh vĩ đại nhất của Edo Gengai Hiraga bị bắt cóc. Chịu trách nhiệm khiến kẻ thù phải rút lui bằng cách khiến vũ khí của chúng trở nên vô dụng, virus nanomachine của Gengai hiện có nguy cơ bị tắt.